마곡사 5층석탑은 평면의 폭이 좁은 반면 탑신이 높아 길쭉한 모습으로 안정감은 적으나 풍채가 당당하다. 이 탑의 가장 특징적인 모습은 상륜부의 구성에 있다. 청동제로 만들어진 상륜에 풍마동(風磨銅)이라고 불리는 1.8m의 금동보탑(金銅寶塔)을 올려 매우 특수한 양식을 갖추었다. 금동보탑은 중국 원나라에서 유행했던 불탑 양식을 따르고 있다. 특히 제작기법이 정교하고 기술적, 예술적 완성도가 뛰어날 뿐만 아니라 우리나라 석탑에서 유일한 것으로 당시 국제교류의 양상을 살필 수 있어 그 가치가 매우 높아 국보로 승격되었다.
탑의 구성은 2층의 기단과 5층의 탑신, 상륜부로 구성되었다. 1층 탑신 남쪽면에는 문비(門扉)가, 2층 탑신석에는 사방불(四方佛)이 묘사되어 있다. 또한 2중으로 조성된 석탑의 기단은 고려시대에 유행했던 백제계 석탑 양식을 보인다. 특히 석탑 지대석에는 게의 눈과 같은 형상의 해목형 안상(蟹目形 眼象)이 새겨져 있는데, 이는 현존하는 석탑에서 최초로 발견된 사례로 학술적, 예술적 가치가 높다.